反黑组警长肥沙（林雪 饰），不慎丢失手枪。这件事非同小可，如果手枪被匪徒用去行凶，肥沙将大祸临头。PTU（警察机动部队）警官何文展（任达华 饰）出于义气，答应一定会在天亮之前寻回手枪，带几名手下开展了寻枪行动。另一方面，却在横生枝节：警员Kat（邵美琪 饰）死守纪律，坚持要将此事汇报上级处理；而在同一晚，CID的Madam张（黄卓玲 饰）在接手一单黑社会谋杀案时，怀疑肥沙与黑社会有染，由此与PTU发生意见分歧。人与人，部门与部门之间的矛盾、争斗和角力，在夜幕中徐徐拉开。而第二天清早，揭晓的真相，原来都在他们的意料之外……

同是警察的黄姜（黄秋生）和七喜（刘青云）情同手足，然而两人行事上却有天壤之别，黄姜刚正不阿，七喜却与黑帮老大盲超（吴镇宇）是结拜兄弟，某次行动中，黄姜迫于无奈将七喜连同盲超击毙，事后也没解释原因，令七喜老婆对其生出误会。

故事发生在一九八五年的香港，张有铭（李尚文 饰）是正值叛逆时期不知天高地厚的莽撞少年，某日，他跟随一群小混混劫持并且杀害了一对情侣，之后众人遭到警方的逮捕。张有铭因为尚未成年，因此并未得到判刑，而是被关进了监狱，“等候英女皇发落”。没想到，这一等就是十年，时间就这样悄无声息的来到了一九九七年，香港回归在即，一位名叫誉玲（艾敬 饰）的女子注意到了张有铭的存在。一来二去之间，两人竟然产生了信赖和感情。在梁忠勤议员（邓树荣 饰）的支持和帮助下，誉玲开始着手替张有铭翻案，并且联手很多有着和张有铭一样遭遇的人的亲属，向政府发出联合抗议。

三名大陆赴港的毛贼在白天抢劫金铺后，遇上巡警慌张逃亡，其中一人逃入另一帮被警方通缉多时并配备有强大火力的大陆悍匪躲藏的大厦，紧接着，警方重案组的命运被这两帮歹徒意外牵连，当他们以为成功打死悍匪可以放松庆祝时，又碰上那两个漏网的毛贼，一轮混战后，事情顿时变得非常突然。而与警匪交战主干线并行发展的爱情线来得也非常突然。重案组干将钟健（任达华）和李森（刘青云）在办金铺劫案时巧遇以前认识的茶餐厅老板，就她的芳心到底属谁，众人猜测一番后得到吃惊答案。